Naruto Shippūden: Nhiệm Vụ Bí Mật

Câu chuyện lần này mở đầu bằng một phen chao đảo của làng Lá khi bị nhóm ninja từ Đất nước Bầu Trời kéo đến tấn công chớp nhoáng từ trên trời. Họ dùng những đôi cánh cơ học để ném bom bắn phá khắp nơi nhằm trả món nợ ân oán cũ từ thời đại chiến ninja, khiến tình hình cực kỳ nhốn nháo. Đang lúc rối ren thì có cậu bé tên Amaru lặn lội tìm tới tận nơi để xin viện trợ, mong tìm được thầy Shinno về cứu chữa cho những người bị thương ở làng cậu. Thế là Naruto, Sakura và Hinata được cử đi làm nhiệm vụ bảo vệ hai người họ về lại quê nhà, mở ra một chuyến đi vừa vất vả vừa có nhiều pha đụng độ thót tim.