Tại khu phố Shinjuku sầm uất của Tokyo, Ryo Saeba được biết đến là một thám tử tư kiêm tay thiện xạ cừ khôi với tài bắn súng hiếm ai sánh kịp, dù anh có điểm yếu hài hước là luôn bị phân tâm trước phái đẹp. Đồng hành cùng trợ thủ Kaori Makimura, cả hai chuyên nhận các nhiệm vụ bảo vệ và làm vệ sĩ theo yêu cầu của thân chủ. Rắc rối thực sự nổ ra khi họ nhận lời bảo vệ người mẫu Ai Shindo, người đang bị những kẻ lạ mặt tấn công dữ dội vì vô tình nắm giữ chìa khóa của một âm mưu to lớn bao trùm toàn đô thị. Ryo cùng cộng sự phải tìm cách dập tắt hiểm họa để bảo vệ an toàn cho thân chủ và toàn thành phố. Thợ Săn Thành Phố: Căn Cứ Bí Mật Shinjuku là bộ phim hoạt hình hành động hình sự xen lẫn yếu tố hài hước của Nhật Bản với thời lượng 95 phút, quy tụ các diễn viên lồng tiếng Akira Kamiya, Marie Iitoyo và Kazue Ikura.