Nadesico: The Prince Of Darkness lấy mốc thời gian hai năm sau những sự kiện của phiên bản tiền nhiệm, khi Akito và Yurika đều mất tích và bị coi là đã qua đời. Lúc này, cô bé thiên tài biến đổi gen 14 tuổi Ruri Hoshino đã đảm nhận vai trò thuyền trưởng chỉ huy chiến hạm Nadesico thế hệ mới. Tình hình trở nên nguy cấp khi một nhóm ly khai trên sao Hỏa tiến hành cuộc tấn công quân sự quy mô lớn, khiến liên minh quân sự giữa Trái Đất và Jovian rơi vào hỗn loạn bởi những bất đồng nội bộ. Trước tình thế ngặt nghèo, Ruri phải tự mình tập hợp lại phi hành đoàn kỳ cựu năm xưa để thực hiện nhiệm vụ bí mật nhằm chặn đứng quân nổi dậy và tìm kiếm tung tích của hai người đồng đội cũ. Bộ phim hoạt hình khoa học viễn tưởng kết hợp hành động của Nhật Bản có thời lượng 87 phút. Tác phẩm có sự tham gia của các diễn viên lồng tiếng gồm Omi Minami, Yukie Nakama và Chisa Yokoyama.