Câu chuyện mở ra khi Arceus, vị thần sáng lập nên thế giới sinh vật, tái xuất trần thế mang theo cơn thịnh nộ khôn nguôi để trừng phạt loài người vì vụ trộm bảo vật Viên ngọc sự sống năm xưa. Sự phẫn uất của đấng sáng thế đẩy thế giới đứng trước bờ vực của một sự trừng phạt tàn khốc. Nhằm ngăn chặn thảm kịch giáng xuống muôn loài, Ash Ketchum cùng những người bạn đồng hành buộc phải thực hiện chuyến du hành xuyên không gian và thời gian. Khi quay về quá khứ xa xưa, nhóm bạn nỗ lực khám phá chân tướng sự việc, tìm cách đảo ngược những biến cố hiểu lầm dẫn đến mối thù hằn để cứu vãn tương lai và xoa dịu cơn giận dữ của Arceus. Bộ phim hoạt hình phiêu lưu giả tưởng Pokémon: Arceus Chinh Phục Khoảng Không Thời Gian đến từ Nhật Bản phát hành năm 2009 có thời lượng 94 phút, với sự tham gia lồng tiếng của các diễn viên Ikue Otani, Rica Matsumoto và Yuji Ueda.