Câu chuyện mở ra ở mốc thời gian 300 năm sau thảm họa thực vật trên Mặt Trăng. Tại một phòng thí nghiệm ngoài không gian, những cái cây có tri giác với sức sống mãnh liệt đã phá hủy căn cứ, tàn phá nền văn minh nhân loại và phủ xanh Trái Đất thành những cánh rừng bạt ngàn. Trong thế giới hậu tận thế, cậu bé Agito với mái tóc trắng đặc trưng cùng những người sống sót đã học được cách hòa hợp và thích nghi với môi trường thiên nhiên hoang sơ. Biến cố ập đến khi Agito tình cờ đánh thức một thiếu nữ thức giấc sau giấc ngủ đông kéo dài ba thế kỷ. Cô gái mang trên cổ chiếc tín vật có khả năng kích hoạt thứ vũ khí khổng lồ từ thời cổ đại, khiến cô nhanh chóng rơi vào tầm ngắm của các thế lực thù địch muốn hủy diệt cây cối để khôi phục lại thế giới con người thuở trước. Nhận lấy nguồn năng lượng kỳ diệu do thiên nhiên trao tặng, Agito quyết định dấn thân vào hiểm nguy để bảo vệ cô gái. Linh Hồn Nguyên Thủy là tác phẩm hoạt hình hành động khoa học viễn tưởng xen lẫn yếu tố phiêu lưu và lãng mạn của Nhật Bản phát hành năm 2006. Phim có thời lượng 95 phút do đạo diễn Keiichi Sugiyama dẫn dắt, với sự góp giọng của dàn diễn viên Atsuko Yuya, Aoi Miyazaki và Yuko Kotegawa.