Bối cảnh câu chuyện mở ra trong bầu không khí ảm đạm và tuyệt vọng khi Asuka rơi vào trạng thái hôn mê sâu, còn Shinji Ikari ngày càng lún sâu vào sự chán ghét chính bản thân mình. Nguy cơ diệt vong ập đến khi tổ chức SEELE phát động một cuộc tấn công vũ trang quy mô lớn nhắm thẳng vào tổng hành dinh của NERV. Trước làn sóng tấn công dữ dội của kẻ thù, cô gái bất tỉnh Asuka nhanh chóng được đưa vào bên trong robot Eva Unit Two để bảo vệ, trong khi sĩ quan Misato gấp rút tìm kiếm tung tích của Shinji. Ở một diễn biến ngầm nguy hiểm khác, người cha của Shinji đang toan tính lợi dụng Rei Ayanami nhằm kích hoạt sự kiện Tác Động Thứ Ba đầy bí ẩn và thảm khốc. Tân Thế Kỷ Evangelion: Kết Thúc Của Evangelion là tác phẩm hoạt hình khoa học viễn tưởng kết hợp hành động của Nhật Bản, có thời lượng 87 phút. Bộ phim quy tụ dàn diễn viên lồng tiếng gồm Megumi Ogata, Megumi Hayashibara và Kotono Mitsuishi.