Câu chuyện bắt đầu tại thị trấn Frog Creek thuộc bang Pennsylvania, khi cậu bé Jack 8 tuổi cùng cô em gái Annie 7 tuổi tình cờ phát hiện một ngôi nhà gỗ kỳ lạ nằm trên ngọn cây trong khu rừng gần nhà. Bên trong ngôi nhà là cả một kho tàng sách ma thuật sở hữu năng lực đặc biệt, có thể đưa hai đứa trẻ du hành xuyên qua không gian và thời gian chỉ bằng việc chỉ tay vào trang sách và nói ra điều ước. Trong các chuyến phiêu lưu kỳ thú, hai anh em có cơ hội khám phá vô vàn kiến thức về lịch sử, nghệ thuật, âm nhạc, khoa học và các hiện tượng thiên nhiên kỳ bí. Nhóm bạn nhỏ còn gặp gỡ Morgan le Fay, chủ nhân thần bí của ngôi nhà trên cây, người đã trao cho hai đứa trẻ nhiệm vụ trở thành những thủ thư mẫn cán để thực thi các sứ mệnh trọng đại. Ngôi Nhà Trên Cây Kỳ Diệu (Magic Tree House) là tác phẩm hoạt hình phiêu lưu giả tưởng của Nhật Bản phát hành năm 2012 với thời lượng 105 phút, có sự tham gia lồng tiếng của Keiko Kitagawa, Mana Ashida và Fumiko Orikasa.