Một biến cố nghiêm trọng xảy ra khi hiện tượng phi vật chất hóa bắt đầu biến thế giới thực trở thành môi trường dữ liệu số, đe dọa sự tồn vong của nhân loại. Nhận được thông tin khẩn cấp, Netto cùng Rockman lập tức lên đường theo chân cha của cậu là nhà nghiên cứu mạng Yuuichirou nhằm tìm ra giải pháp ngăn chặn thảm họa. Từ những thông tin xâm nhập được phát hiện trong hệ thống máy tính của công ty Trinity Brain, nguồn gốc sự cố được làm sáng tỏ khi Trái Đất bị ép thích ứng với phương thức tồn tại của mạng lưới số. Netto và Rockman phải thâm nhập sâu vào lòng đất để vô hiệu hóa chương trình lõi, nơi họ phải đụng độ hàng loạt đối thủ cũ lẫn mới, đồng thời đối diện với sự thức tỉnh của thực thể mạng tà ác mang tên Nebula Grey. Rockman.Exe: Hikari To Yami No Program là phim hoạt hình khoa học viễn tưởng kết hợp hành động của Nhật Bản, ra mắt năm 2005 với thời lượng 50 phút. Tác phẩm có sự góp giọng của các diễn viên lồng tiếng gồm Mitsuki Saiga, Hiro Yuuki và Kumiko Higa.