Lấy bối cảnh thế giới tương lai nơi công nghệ mạng phát triển vượt bậc, câu chuyện theo chân cậu thiếu niên Remu Mikage trên hành trình tìm lại linh hồn cho em gái Shiki. Khi Shiki chuyển tới thành phố nổi Mega Float City trên đảo Okinotori để học tập, cô đã sử dụng hệ thống máy nano liên kết thần kinh để truyền tải toàn bộ ý thức lên mạng máy tính nhằm nâng cao hiệu quả tiếp thu, đồng thời gửi thân xác cơ học vào bể bảo quản đặc biệt. Biến cố ập đến qua thảm kịch mang tên Sự sung sướng sớm, khiến tất cả những ai từng tải ý thức lên hệ thống đều rơi vào tình trạng hôn mê sâu hoặc mất mạng. Khi Remu tìm đến nơi ở của em gái để đối mặt với sự thật, Shiki bất ngờ xuất hiện nhưng cô đã mất đi toàn bộ ký ức về bản thân và gia đình. Trước sự truy bắt gắt gao từ một nhóm nhà nghiên cứu hung bạo, hai anh em buộc phải bước vào cuộc trốn chạy sinh tử nhờ vào khả năng điều khiển máy nano mới thức tỉnh của Shiki. Phim thuộc thể loại hoạt hình, khoa học viễn tưởng, hành động và bí ẩn của Nhật Bản, có sự tham gia lồng tiếng của Jun Fukuyama, Eri Kitamura và Yoko Hikasa.