Mọi chuyện bắt đầu khi một nữ nhân viên thuộc Đội Tuần Tra Thời Gian phát hiện những dấu hiệu xáo trộn lịch sử bất thường xảy ra tại Nhật Bản vào năm 1570. Trong quá trình tới tận nơi để điều tra nguyên nhân sự việc, cô bất ngờ bị tấn công và rơi vào tình cảnh mắc kẹt ngay dưới sàn nhà của gia đình Nohara. Nhận thấy sức lực có hạn, cô đành phải nhờ vả các thành viên trong nhà cùng chung tay giúp sức. Cả gia đình Nohara quyết định cùng nhau quay ngược dòng thời gian về thời quá khứ xa xưa. Tại đây, họ diện kiến chàng samurai Fubuki-maru, người một mực tin rằng nhóm người nhà Nohara chính là đội ngũ ba người một chó được nhắc tới trong lời sấm truyền cổ xưa. Ngay sau đó, Fubuki-maru đề nghị mọi người đồng lòng tương trợ để ngăn chặn âm mưu đen tối của gã Lãnh chúa Unkokusai tàn độc. Crayon Shin-chan : Âm Mưu Của Lãnh Chúa Unkokusai là tác phẩm hoạt hình phiêu lưu hài hước của Nhật Bản, có thời lượng 96 phút xoay quanh chuyến hành trình vượt thời gian đầy thử thách.