Ghost in the Shell Arise - Border 2: Ghost Whispers nối tiếp diễn biến khi Thiếu tá Kusanagi Motoko đã chính thức rời khỏi đơn vị 501 và nhận lời gia nhập tổ chức Section 9 dưới sự điều hành của Aramaki. Trong giai đoạn chuyển giao này, cô vẫn đang trong quá trình tìm kiếm và tuyển chọn các nhân sự phù hợp cho đội đặc nhiệm tác chiến của riêng mình. Tình thế trở nên khẩn cấp khi một kẻ thù giấu mặt bất ngờ tiến hành cuộc tấn công quy mô lớn nhằm tê liệt toàn bộ hệ thống điều khiển giao thông của cả thành phố. Đứng trước hiểm họa công nghệ nguy hiểm đe dọa sự an nguy đô thị, Motoko chỉ có cỗ máy Logicoma kề vai sát cánh và cô sớm nhận ra mình không thể đơn độc hoàn thành nhiệm vụ ngăn chặn thảm kịch này. Thuộc thể loại hành động kết hợp yếu tố bí ẩn của hoạt hình Nhật Bản, bộ phim Ghost in the Shell Arise - Border 2: Ghost Whispers phát hành năm 2012 với thời lượng 50 phút. Dàn diễn viên tham gia góp giọng trong tác phẩm gồm Maaya Sakamoto, Kenichirou Matsuda, Tomoyuki Dan, Ikkyu Juku và Takurou Nakakuni.