Scooby-Doo! And Krypto, Too! bắt đầu khi các siêu anh hùng thuộc Liên Minh Công Lý (Justice League) đột ngột mất tích bí ẩn, khiến thành phố Metropolis rơi vào cảnh hỗn loạn trước sự trỗi dậy của các thế lực phản diện hung hãn. Trước tình thế nguy cấp, biệt đội thám tử quen thuộc Mystery Inc. cùng chú chó Scooby-Doo đã nhanh chóng lên đường khám phá chân tướng sự việc.
Nhiệm vụ lần này thêm phần thú vị khi nhóm thám tử kết hợp cùng Krypto, chú siêu khuyển sở hữu siêu năng lực vượt trội. Cả đội phải đối mặt với các hiện tượng ma quái đe dọa trụ sở Justice League, đồng thời đối đầu với những mưu mô nguy hiểm từ các ác nhân khét tiếng như Lex Luthor, The Joker và Harley Quinn.
Bộ phim hoạt hình phiêu lưu bí ẩn dành cho gia đình có thời lượng 78 phút, với sự tham gia lồng tiếng của Matthew Lillard, Frank Welker, Kate Micucci, Grey DeLisle và P.J. Byrne.