Medaka Box Abnormal tiếp nối những diễn biến tại Học viện Hakoniwa sau khi Kurokami Medaka cùng Hội học sinh giành chiến thắng trước Myouri Unzen. Thế nhưng khoảng thời gian yên bình vừa được tái lập nơi ngôi trường này chỉ có thể kéo dài trong một khoảnh khắc ngắn ngủi. Một mối đe dọa mới nhanh chóng ập đến khi Medaka cùng những người đồng đội thân cận gồm Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune và Mogana Kikaijima bất ngờ bị cuốn vào một âm mưu đen tối mang tên Kế hoạch Flask. Điều đáng ngại nhất là chủ mưu đứng sau toàn bộ sự việc hiểm hóc này lại chính là người đứng đầu ban giám hiệu nhà trường. Bộ phim truyền hình Hoạt Hình của Nhật Bản phát hành vào năm 2012, với thời lượng trọn bộ gồm 12 tập.