Sau khi cùng nhau trải qua hàng loạt biến cố đầy hỗn loạn, trung sĩ lính đánh thuê Sousuke Sagara trực thuộc tổ chức Mithril cùng cô nữ sinh Kaname Chidori mang năng lực đặc biệt "Whispered" đã quay trở lại với nhịp sống học đường quen thuộc. Tại đây, Sousuke vừa phải nỗ lực học cách thích nghi với nếp sinh hoạt của thường dân vừa phải hoàn thành các nhiệm vụ được giao. Trong khi đó, Kaname cố gắng hỗ trợ người bạn của mình dù những hành động ngô nghê và cứng nhắc mang tính quân sự của anh chàng không ít lần khiến cô phải dở khóc dở cười. Full Metal Panic! The Second Raid là bộ phim hoạt hình nhiều tập do Nhật Bản sản xuất, trọn bộ gồm 13 tập hoàn tất.