Sau khi thoát khỏi thảm kịch tại Học viện Hope's Peak để bước ra thế giới bên ngoài, Makoto Naegi cùng những người bạn may mắn sống sót quyết định gia nhập Tổ chức Tương lai. Đây là liên minh mang sứ mệnh xoa dịu nỗi đau và dập tắt sự tuyệt vọng đang lan tràn khắp nơi. Thế nhưng niềm hy vọng vừa nhen nhóm thì biến cố nghiêm trọng lại ập đến khi Naegi bất ngờ bị bắt giữ. Anh phải đối mặt với phiên tòa phán quyết tội danh phản bội vì hành động đứng ra bao bọc cho một nhóm thuộc Tàn dư của sự tuyệt vọng. Danganronpa 3: The End of Kibougamine Gakuen - Mirai-hen là bộ phim hoạt hình Nhật Bản phát hành vào năm 2016 với thời lượng 12 tập.