Shin Sakura Taisen the Animation đưa khán giả trở lại mốc thời gian năm 1941 tại Tokyo, tức một năm sau khi kẻ thù Sotetsu Genan bị đánh bại. Đội trưởng Seijuurou Kamiyama thuộc Phân đội Hoa của Lực lượng Tác chiến Hoàng gia buộc phải rời đi để thực thi một nhiệm vụ bí mật, giao lại quyền chỉ huy tạm thời cho cô nàng Sakura Amamiya. Biến cố mới nhanh chóng ập đến sau một sự cố bất ngờ tại châu Âu, khiến Kamiyama phải tiếp nhận bảo bọc một cô gái trẻ người Nga có tên là Klara M. Sự xuất hiện của nhân vật mới này kéo theo nhiều chuyển biến khó lường cho cả phân đội tác chiến trong những trận tuyến sắp tới. Bộ phim hoạt hình của xứ sở mặt trời mọc được sản xuất và lên sóng vào năm 2020, có tổng độ dài gồm 12 tập.