Câu chuyện mở ra một thế giới ở tương lai xa xôi, thời điểm nền văn minh nhân loại đã vươn tầm kiểm soát ra ngoài không gian vũ trụ và tiến hành khai phá, định cư trên nhiều hành tinh khác nhau. Quy mô mở rộng vượt bậc này dẫn đến nhu cầu cấp thiết về một cơ chế quản lý toàn diện. Nhằm giữ gìn trật tự và cân bằng quyền lợi trong không gian, cơ quan mang tên Tổ chức Thương mại và Thuế quan Thiên hà (GOTT) chính thức được thành lập. Đơn vị này gánh vác trách nhiệm điều phối hoạt động kinh tế cũng như ngăn ngừa các mối nguy hại tiềm tàng đe dọa sự ổn định của vũ trụ. Đặc Vụ bí Mật là bộ phim hoạt hình khoa học viễn tưởng của Nhật Bản với độ dài 24 tập, đưa người xem khám phá những nhiệm vụ duy trì an ninh đầy thử thách ngoài không gian.