Bối cảnh mở ra hai mươi lăm năm sau chiến tích giải cứu ngân hà khỏi bờ vực diệt vong của bộ đôi Éclair và Lumière lừng danh. Sau khi tổ chức thương mại và thuế quan cũ tan rã, một cơ quan mới mang tên Tổ chức Thương mại Thiên hà GTO chính thức được thành lập nhằm tiếp quản trật tự chung. Đứng trước những hiểm họa tội phạm xuyên các vì sao, GTO nhận sứ mệnh đại diện cho công lý để duy trì nền hòa bình và bảo đảm an ninh cho các hành tinh. Những đặc vụ của tổ chức phải đối đầu với các mưu đồ phạm pháp nguy hiểm, mở ra những chiến dịch bảo vệ vũ trụ đầy cam go. Đặc Vụ Bí Mật 2 là bộ phim hoạt hình hành động khoa học viễn tưởng của Nhật Bản ra mắt vào năm 2009, có quy mô kéo dài 24 tập.