Kannagi mở đầu bằng ký ức thời thơ ấu của Jin Mikuriya khi cậu tình cờ chạm trán một vị thần trong lúc đi bắt côn trùng ngoài tự nhiên. Trải nghiệm khó quên ấy đã trở thành nguồn cảm hứng lớn để nhiều năm sau, cậu hoàn thành tác phẩm điêu khắc nghệ thuật mới nhất mang hình tượng Thần cây từ một khúc gỗ thiêng. Đang loay hoay tìm cách vận chuyển bức tượng đến trường học, Jin ngỡ rằng khoảng thời gian còn lại trong ngày chỉ đơn thuần là việc ngắm nhìn thành quả sáng tạo của mình. Thế nhưng, bức tượng gỗ bất ngờ biến hóa thành một thiếu nữ thần linh bằng xương bằng thịt, kéo theo hàng loạt xáo trộn hài hước vào cuộc sống thường nhật vốn tĩnh lặng của Jin. Sự xuất hiện của vị thần kỳ lạ buộc chàng học sinh phải đối diện với những sự cố kỳ bí ngoài sức tưởng tượng. Bộ phim hoạt hình truyền hình Nhật Bản này ra mắt khán giả vào năm 2008 với tổng thời lượng gồm 14 tập.