Ninja Rùa: Hỗn Loạn Tuổi Dậy Thì khai thác một câu chuyện ly kỳ khởi nguồn từ tu viện, nơi vị giáo viên kiêm linh mục trẻ tuổi Don Giorgio vướng vào mối quan hệ tình cảm phức tạp với hai người phụ nữ là Orchidea và Giulia. Sau khi quyết định ăn năn sám hối để trở về phụng sự Giáo hội, Don Giorgio bất ngờ bị hành hung dã man dẫn đến thiệt mạng, kéo theo cái chết kinh hoàng của Giulia ngay sau đó.
Thanh tra Boito, người đang chuẩn bị tiến tới hôn nhân với Orchidea, rơi vào tình thế tiến thoái lưỡng nan khi người thương lại trở thành đối tượng tình nghi lớn nhất trong vụ án. Manh mối then chốt dần hé lộ qua Ferruccio, một cậu bé tò mò từng chứng kiến tội ác nhưng không may bị giam giữ và đánh thuốc mê, đặt ra câu hỏi liệu lời khai của cậu có được ai tin tưởng.
Tác phẩm kết hợp giữa hành động, hoạt hình và hài hước, có thời lượng 100 phút, với sự góp giọng của các diễn viên Ayo Edebiri, Nicolas Cantu, Micah Abbey, Brady Noon và Shamon Brown Jr.