Câu chuyện bắt đầu với Mewtwo, một sinh vật nhân tạo được các nhà khoa học tạo ra từ mã gen di truyền của Mew. Sau thời gian dài bị giam cầm và đối xử như một vật thí nghiệm, Mewtwo thức tỉnh cùng nỗi hận thù sâu sắc đối với loài người. Mang theo sự căm phẫn tột cùng, nó trốn chạy khỏi phòng thí nghiệm rồi lui về xây dựng căn cứ vững chắc trên hòn đảo New Island. Tại nơi ẩn náu mới, Mewtwo gửi thư thách thức đến các nhà huấn luyện tài năng, trong đó có nhóm của Ash, Misty và Brock. Sinh vật hùng mạnh này áp dụng công nghệ nhân bản để tạo ra một đội quân Pokémon sao chép có sức mạnh vượt trội, nhằm mục đích đánh bại con người và lật đổ trật tự thế giới. Pokémon: Mewtwo Phản Công - Tiến Hóa là bộ phim hoạt hình hành động, phiêu lưu dành cho gia đình của điện ảnh Nhật Bản, có thời lượng 98 phút. Tác phẩm quy tụ dàn diễn viên quen thuộc như Rica Matsumoto, Ikue Otani và Mayumi Izuka.