Điệp Viên Nhí: Nhiệm Vụ Tối Mật (Phần 2) tiếp tục theo chân những cô cậu học viên nhí quả cảm của Đội Đặc Nhiệm Tối Trọng. Mọi chuyện bắt đầu xáo trộn dữ dội khi một gián điệp bí mật do Bộ Não Vàng phái đến tìm cách thâm nhập vào sâu bên trong học viện. Mục tiêu của kẻ đột nhập là đoạt lại thứ huyết thanh Pinnoquinox mang sức mạnh to lớn. Trước mối đe dọa cận kề, các đặc vụ nhí buộc phải hợp sức chiến đấu ngay tại sảnh trường nhằm bảo vệ an toàn cho căn cứ và ngăn không cho thứ bảo vật nguy hiểm lọt vào tay kẻ xấu. Bộ phim hoạt hình hành động khoa học viễn tưởng này do Canada và Âu Mỹ hợp tác sản xuất, gồm 10 tập với thời lượng khoảng 25 phút mỗi tập. Tác phẩm có sự tham gia lồng tiếng của các diễn viên Carter Hastings, Ashley Bornancin và Caitlyn Bairstow.