Một sự kiện kỳ bí đột ngột giáng xuống một trường học khi cả tòa nhà cùng ba mươi sáu học sinh bên trong bị dịch chuyển vào một chiều không gian trống rỗng. Môi trường mới khiến năng lực siêu nhiên tiềm ẩn trong một số cô cậu học trò bắt đầu thức tỉnh. Việc sở hữu siêu năng lực nhanh chóng tạo ra hố sâu ngăn cách giữa các thành viên. Nỗ lực thiết lập trật tự của ban đại diện hội học sinh vấp phải sự phản kháng quyết liệt từ nhóm cá nhân có sức mạnh đặc biệt, dẫn đến sự rạn nứt nội bộ ngày càng trầm trọng. Cậu Nhóc Nhỏ thuộc thể loại hoạt hình khoa học viễn tưởng kết hợp chính kịch và kỳ ảo của Nhật Bản, được hoàn tất với 12 tập có thời lượng 23 phút mỗi phần.