Câu chuyện mở đầu khi Liên minh Giải phóng Động vật (ALA), một nhóm khủng bố sinh thái, tấn công phòng thí nghiệm sinh học để giải cứu một cá thể tinh tinh đang mang bầu. Sự kiện này dẫn đến sự chào đời của Charlie, sinh vật lai giữa người và tinh tinh. Sau khi được một cặp vợ chồng nhận nuôi và nuôi dạy suốt mười lăm năm trong xã hội loài người, Charlie bắt đầu bước vào trường trung học, nơi cậu gặp gỡ và kết bạn với cô nữ sinh thông minh nhưng khép kín Lucy Eldred. Sóng gió ập đến khi tổ chức ALA quyết định nhắm vào Charlie nhằm biến cậu thành biểu tượng phục vụ mưu đồ chính trị cực đoan. Sự tồn tại khác biệt của Charlie khiến cậu cùng những người thân cận bị đẩy vào chuỗi xung đột xã hội gay gắt, nơi cậu phải đối mặt với áp lực từ nhiều phía và những hiểm nguy rình rập. Darwin Jihen là tác phẩm hoạt hình khoa học viễn tưởng đến từ Nhật Bản, có độ dài 13 tập với thời lượng khoảng 23 phút mỗi tập.