Cốt truyện mở ra khi tên Djinn Nadakhan bất ngờ tái xuất giang hồ cùng toán cướp biển trên không trung hung hãn. Bằng dã tâm biến Ninjago thành vương quốc thống trị dưới quyền lực của mình, hắn đã tận dụng và bẫy mọi người thông qua những điều ước để từng bước thôn tính khắp nơi. Trước sức mạnh quỷ quyệt của kẻ thù, phần lớn các Ninja lần lượt sa bẫy và bị bắt giữ, chỉ còn lại Jay đơn độc chiến đấu để giải cứu đồng đội. Trong tình thế ngặt nghèo, Jay buộc phải đưa ra một điều ước làm đảo ngược toàn bộ dòng thời gian khiến sự kiện này chưa từng diễn ra, để rồi chỉ có anh và Nya là những người duy nhất còn lưu giữ ký ức. LEGO Ninjago: Bí mật cơn lốc Ninjago (Phần 6) là loạt phim hoạt hình phiêu lưu hành động gồm 10 tập do Canada và Đan Mạch phối hợp sản xuất, quy tụ các diễn viên lồng tiếng như Sam Vincent, Sabrina Pitre và Brian Drummond.