Mạch phim mở ra vào một đêm u tối khi trụ sở lực lượng an ninh Nhật Bản bất ngờ phải hứng chịu một cuộc đột kích táo tợn từ tay điệp viên giấu mặt. Mục tiêu của kẻ xâm nhập là đánh cắp những tài liệu tình báo cơ mật liên quan đến hàng loạt tổ chức quốc tế lớn như MI6 của Anh, BND của Đức, CIA của Mỹ cùng các hồ sơ mật của Cục Điều tra Liên bang FBI. Ngay giữa thời khắc các dữ liệu tối mật sắp sửa rơi vào tay đối phương, lực lượng an toàn công cộng dưới sự dẫn dắt của Tooru Amuro đã xuất hiện kịp thời để ngăn chặn mưu đồ nguy hiểm này. Cuộc chạm trán bất ngờ đã châm ngòi cho một cuộc chạy đua nghẹt thở nhằm bảo vệ bí mật của các cơ quan tình báo toàn cầu. Detective Conan Movie 20: The Darkest Nightmare là tác phẩm hoạt hình điện ảnh nổi bật của Nhật Bản ra mắt vào năm 2016.