Mùa phim tiếp tục theo chân biệt đội đặc biệt của Cục Điều tra Liên bang FBI đặt trụ sở tại Boston, gồm nữ đặc vụ Olivia Dunham cùng hai cộng sự đặc biệt: nhà khoa học lập dị Walter Bishop và con trai ông, một tiến sĩ hóa học tài ba. Ba người tiếp tục dấn thân vào các cuộc điều tra kỳ bí liên quan đến những hiện tượng khoa học giả tưởng chưa có lời giải. Trước hàng loạt vụ án hóc búa từ các chủng virus và căn bệnh cực hiếm cho đến những hiện tượng tâm linh dị thường, nhóm điều tra phát hiện ra rằng mọi manh mối đều âm thầm dẫn về một mắt xích bí ẩn mang tên The Pattern. Họ buộc phải phối hợp chặt chẽ để bóc trần những mưu đồ nguy hiểm ẩn giấu phía sau các thí nghiệm đen tối. Giải Mã Kỳ Án (Phần 2) là loạt phim khoa học viễn tưởng, bí ẩn, chính kịch và gay cấn của Âu Mỹ gồm 23 tập, mỗi tập kéo dài khoảng 46 phút, với sự tham gia của Anna Torv, Joshua Jackson, John Noble và Jasika Nicole.