Chiến Hạm Cuối Cùng (Phần 2) mở ra một thế giới điêu tàn sau thảm họa đại dịch toàn cầu đã tàn phá và cướp đi sinh mạng của khoảng một nửa dân số thế giới. Giữa khung cảnh sụp đổ đó, một tàu khu trục trang bị tên lửa dẫn đường của hải quân Mỹ với thủy thủ đoàn gồm 217 thành viên cả nam và nữ may mắn thoát khỏi sự lây nhiễm nhờ đang hoạt động biệt lập trên biển. Là một trong những lực lượng còn sót lại nguyên vẹn sau thảm họa, các thành viên trên chiến hạm mang trên vai trách nhiệm nặng nề. Họ phải nỗ lực nghiên cứu tìm ra phương thuốc chữa trị và ngăn chặn sự lây lan của loại vi-rút chết chóc nhằm giải cứu nhân loại khỏi nguy cơ tuyệt chủng. Mùa thứ hai của loạt phim truyền hình hành động viễn tưởng gồm 13 tập, thời lượng khoảng 60 phút mỗi tập. Dàn diễn viên tham gia diễn xuất trong phần này gồm các gương mặt như Eric Dane, Adam Baldwin, Travis Van Winkle, Charles Parnell và Christina Elmore.