Scooby-Doo! Đội Giải Mã Bí Ẩn (Phần 2) đồng hành cùng chú chó Scooby và nhóm bạn trẻ sinh sống tại thị trấn nhỏ Crystal Cove, nơi vốn nổi tiếng từ lâu đời với hàng loạt hiện tượng ma quái, truyền thuyết sinh vật bí ẩn cùng những vụ việc khó hiểu chưa có lời đáp. Khi biệt đội thám tử quyết tâm bắt tay điều tra để làm sáng tỏ tận gốc sự thật, họ lập tức vấp phải sự cản trở quyết liệt từ chính những cư dân địa phương lâu năm, những người vốn phụ thuộc vào danh tiếng tâm linh huyền bí của vùng đất này để thu hút du khách và sẵn sàng làm mọi cách bảo vệ nguồn sống của họ. Bộ phim hoạt hình hài hước, bí ẩn dành cho gia đình gồm 23 tập với thời lượng 22 phút mỗi tập, có sự tham gia lồng tiếng của các diễn viên Frank Welker, Mindy Cohn, Grey DeLisle và Matthew Lillard.