Biên Niên Sử Nanoha (Phần 3) lấy mốc thời gian mười năm sau những sự kiện diễn ra ở phần Nanoha As. Lúc này, bộ ba Nanoha, Fate và Hayate đã trưởng thành và trở thành những thành viên cốt cán nắm giữ vị trí quan trọng tại Cục quản lý Không gian và Thời gian. Bên cạnh trọng trách hướng dẫn và đào tạo thế hệ pháp sư trẻ đầy triển vọng gồm Subaru, Tiana, Caro cùng Erio, họ phải đối mặt với hiểm họa khôn lường. Một thế lực thù địch xuất phát từ Project F, chương trình nghiên cứu mà mẹ của Fate từng tham gia trong quá khứ, bất ngờ trỗi dậy đe dọa nền hòa bình. Bộ phim hoạt hình Biên Niên Sử Nanoha (Phần 3) thuộc thể loại hành động kết hợp hài hước đến từ Nhật Bản, có độ dài 26 tập với thời lượng khoảng 25 phút mỗi tập, tiếp nối cuộc chiến ma thuật kịch tính của các nữ pháp sư tài ba.