Mary và Đóa Hoa Phù Thuỷ mở ra một thế giới phép thuật kỳ thú qua góc nhìn của cô bé Mary. Trong một lần theo chân chú mèo đen Tib đi sâu vào khu rừng rậm, cô tình cờ bắt gặp một đóa hoa bí ẩn tỏa ra ánh sáng rực rỡ, bất ngờ làm thức tỉnh một chiếc chổi thần kỳ và đưa cô bé bay thẳng đến học viện phù thủy Endor. Tại ngôi trường kỳ lạ, Mary có cơ hội tiếp thu những phép thuật huyền bí và gặp gỡ những pháp sư quyền năng bậc nhất. Thế nhưng niềm hào hứng nhanh chóng biến thành nỗi sợ hãi khi cô phát hiện bí mật đen tối về các sinh vật biến dị bị giam cầm trong lồng sắt. Khi chú mèo Tib không may bị bắt giữ, Mary quyết định quay trở lại hiểm địa để giải cứu người bạn nhỏ cùng muôn loài, đồng thời phải tìm cách trốn chạy sự truy lùng gắt gao của giáo sư Dee và hiệu trưởng Mumblechook. Tác phẩm hoạt hình của điện ảnh Nhật Bản do đạo diễn Hiromasa Yonebayashi chỉ đạo thực hiện, quy tụ dàn diễn viên lồng tiếng gồm Hana Sugisaki, Ryunosuke Kamiki, Yuki Amami, Shinobu Ôtake, Ikue Otani và Lynn.