Trật tự yên bình tại khu vực đường ray bất ngờ bị xáo trộn khi một bộ đôi tinh quái dùng mưu kế lừa gạt các đoàn tàu nhằm chiếm đoạt Ga Sứ Mệnh trọng yếu. Biến cố xảy đến khiến hoạt động của các toa tàu bị tê liệt và đẩy mọi người vào tình thế ngặt nghèo. Đứng trước hiểm cảnh của các bạn bè đồng nghiệp, chú tàu nhỏ Flicker quyết định dũng cảm đương đầu với thách thức, vận dụng tối đa sự nhanh nhẹn trên đường ray để tìm cách xoay chuyển cục diện và giải cứu toàn bộ nhà ga. Mighty Express: Rắc Rối Tàu Hỏa là phim hoạt hình gia đình của điện ảnh Âu Mỹ với thời lượng 25 phút, có sự tham gia góp giọng của diễn viên lồng tiếng Johnathan Couillard.