Câu chuyện tiếp tục đưa khán giả đồng hành cùng cậu bé BoBoiBoy cùng người bạn đồng hành là chú người máy Ochobot. Cùng với nhóm bạn thân thiết sở hữu những siêu năng lực phi thường, cả nhóm luôn kề vai sát cánh để bảo vệ sự yên bình cho Trái Đất. Trong giai đoạn mới này, một mối đe dọa bí ẩn bất ngờ trỗi dậy trên toàn hành tinh, đẩy BoBoiBoy cùng đồng đội vào những trận đối đầu cam go. Không chỉ căng mình ứng phó với kẻ địch nguy hiểm, cậu còn phải đau đầu tìm cách dung hòa cuộc sống thường nhật cùng vô số rắc rối quen thuộc chốn học đường. Bộ phim hoạt hình hành động phiêu lưu BoBoiBoy (Phần 2) đến từ Malaysia có độ dài 13 tập, với sự góp mặt của các diễn viên thể hiện nhân vật như Nurfathiah Diaz, Nur Sarah Alisya, Dzubir Mohamed Zakaria và Anas Abdul Aziz.