Điệp Viên Siêu Hạng (Phần 3) mở ra cuộc sống hai mặt đầy thú vị của ba thiếu nữ Sam, Clover và Alex. Dù mỗi người mang một nét tính cách và sở thích hoàn toàn riêng biệt, cả ba luôn duy trì sự gắn kết và phối hợp vô cùng ăn ý mỗi khi bước vào các nhiệm vụ gián điệp đặc biệt đầy cam go. Họ hoạt động dưới sự chỉ đạo của Jerry, người đứng đầu nghiêm nghị của tổ chức bảo vệ nhân loại quốc tế WOOHP, người luôn giấu kín thân phận thật với mẹ mình dưới vỏ bọc một chủ khách sạn. Trong khi đó, người mẹ của ba cô gái sau khi biết con mình gánh vác sứ mệnh mật vụ đã sắp xếp cho họ một căn nhà lớn gần trường, giúp ba cô nàng vừa hoàn thành nhiệm vụ truy bắt tội phạm nguy hiểm vừa tận hưởng cuộc sống học đường như bao nữ sinh bình thường. Bộ phim hoạt hình phiêu lưu hành động hài hước do Pháp sản xuất, gồm 26 tập với thời lượng khoảng 22 phút một tập. Điệp Viên Siêu Hạng (Phần 3) được đồng sáng tạo bởi hai đạo diễn Vincent Chalvon-Demersay và David Michel, cùng sự tham gia lồng tiếng của Claire Guyot, Céline Mauge và Fily Keita.