Ba cô nàng nữ sinh Sam, Clover và Alex cùng nhau duy trì cuộc sống hai mặt khi vừa là học sinh trung học bình thường, vừa là những nữ điệp viên thiếu niên cừ khôi trực thuộc WOOHP, Tổ chức Quốc tế về Bảo vệ Con người. Dù mỗi cá nhân mang nét tính cách riêng biệt, bộ ba luôn phối hợp ăn ý để thực hiện các nhiệm vụ truy bắt tội phạm nguy hiểm theo mệnh lệnh từ người chỉ huy Jerry. Bên cạnh công việc điều tra căng thẳng, ông sếp Jerry nghiêm nghị lại giấu kín thân phận với mẹ và vờ như mình là chủ khách sạn. Về phía ba cô gái, người mẹ đã hỗ trợ sắm cho một căn nhà gần trường để thuận tiện sinh hoạt. Nhóm nữ thám tử phải tìm cách cân bằng giữa việc đối phó với kẻ ác và đời sống học đường muôn màu cùng các mối quan hệ bạn bè, tình cảm tuổi mới lớn. Điệp Viên Siêu Hạng (Phần 2) là loạt phim hoạt hình phiêu lưu, hành động của Pháp gồm 26 tập với thời lượng 22 phút mỗi tập, do Vincent Chalvon-Demersay và David Michel chỉ đạo sản xuất.