Câu chuyện mở ra với ba người bạn thân gồm Pyontaro, Hiroshi và Tsubame. Vốn chỉ là những học sinh trung học bình thường với cuộc sống học đường êm đềm, không có nhiều điểm nổi bật, họ bất ngờ phải đối mặt với một biến cố chấn động khi em gái của Pyontaro đột ngột mất tích không dấu vết. Biến cố gia đình đau lòng ấy đã cuốn cả nhóm thiếu niên vào một chuyến phiêu lưu hoàn toàn khác thường. Để lần theo tung tích của cô bé, ba người bạn buộc phải cùng nhau dấn thân vào những tình huống hiểm hóc ngoài sức tưởng tượng, thử thách lòng dũng cảm và tinh thần đoàn kết trước những hiện tượng bí ẩn kỳ lạ. Thunder 3 là tác phẩm hoạt hình thuộc thể loại khoa học viễn tưởng do Nhật Bản sản xuất, có độ dài 12 tập với thời lượng khoảng 22 phút mỗi tập. Dự án có sự tham gia diễn xuất của các diễn viên Sayumi Suzushiro, Natsumi Kawaida và Eri Akiyama.