Dược Sư Tự Sự (Phần 3) lấy bối cảnh chốn hoàng cung thời phong kiến, nơi thiếu nữ mười bảy tuổi Miêu Miêu đang nhẫn nại làm một cung nữ cấp thấp sau khi không may bị bắt cóc. Vốn mong muốn sống thầm lặng để chờ ngày mãn hạn rời cung, kế hoạch an phận của cô bất ngờ thay đổi khi hay tin hai hoàng tử con vua lâm bệnh nguy kịch. Dựa vào vốn hiểu biết sâu rộng về dược liệu và kinh nghiệm tích lũy từ những năm tháng ở khu phố đèn đỏ nghèo, Miêu Miêu đã âm thầm can thiệp nhằm cứu mạng hai đứa trẻ. Dù cẩn trọng giấu mình, sự am tường khác thường của cô vẫn không qua được mắt Jinshi, một nhân vật có tầm ảnh hưởng lớn trong cung. Cuộc hội ngộ này đã đưa tài năng y thuật của Miêu Miêu ra ánh sáng, cuốn cô vào hàng loạt vụ việc bí ẩn nơi thâm cung nội đình. Phim hoạt hình thuộc thể loại bí ẩn, chính kịch và tâm lý của Nhật Bản, có độ dài 24 tập với thời lượng khoảng 23 phút mỗi tập. Các nhân vật trong phim được lồng tiếng bởi dàn nghệ sĩ tên tuổi gồm Katsuyuki Konishi, Aoi Yuuki và Takeo Otsuka.