Cửa Hàng Sát Thủ mở đầu bằng biến cố bi kịch thời thơ ấu của Jung Ji An khi mẹ cô qua đời dưới tay cha mình, người sau đó cũng tự kết liễu cuộc đời. Kể từ thời điểm tang thương đó, cô bé được người chú ruột Jung Jin Man đón về nuôi nấng và chăm sóc suốt nhiều năm mà không hề hay biết rằng chú đang âm thầm vận hành một trung tâm mua bán hết sức bí ẩn. Khi chính thức bước chân vào cánh cửa đại học, Ji An quyết định rời xa vòng tay bảo bọc của người chú để bắt đầu cuộc sống tự lập. Mọi trật tự bình lặng hoàn toàn sụp đổ khi Ji An bất ngờ nhận được hung tin về cái chết đường đột của Jung Jin Man. Trở về căn nhà quen thuộc để giải quyết hậu sự, cô gái trẻ vô tình khám phá ra những bí mật chôn giấu bao lâu nay cùng khối công việc đầy nguy hiểm mà chú mình để lại. Bị bủa vây giữa vòng xoáy đe dọa từ những thế lực đen tối bên ngoài, cô buộc phải đối mặt với thử thách sinh tử và cân nhắc việc tiếp quản di sản bí ẩn ấy.