Nhận thức sâu sắc rằng sự hiện diện của mình sẽ kéo theo nguy hiểm khôn lường cho Scully và con trai William, Mulder một lần nữa chủ động lựa chọn biến mất. Trong lúc đó, đặc vụ Doggett nỗ lực lùng sục tung tích của Mulder nhằm phục vụ cuộc điều tra nhắm vào Phó Giám đốc Kersh, nhưng cuối cùng anh bị Scully và Skinner thuyết phục từ bỏ kế hoạch truy tìm. Song song với việc hỗ trợ các đặc vụ Doggett và Reyes xử lý các vụ án kỳ bí, Scully bàng hoàng phát hiện một giáo phái tôn giáo đang ráo riết truy sát William. Dù đã nhờ cậy đến nhóm Lone Gunmen nhưng đứa trẻ vẫn bị bắt cóc, đẩy cô vào tình thế phải đưa ra quyết định vô cùng đau đớn. Giữa lúc tuyệt vọng, tin tức về việc Mulder đang bị quân đội bắt giữ vì liên quan đến cái chết của một kẻ bất tử lại bất ngờ ập đến. Hồ Sơ Tuyệt Mật (Phần 9) gồm 19 tập với thời lượng khoảng 45 phút mỗi tập, thuộc thể loại hình sự, bí ẩn và phiêu lưu của truyền hình Âu Mỹ, với sự góp mặt của các diễn viên Gillian Anderson, David Duchovny và Mitch Pileggi.