Chuyện bắt đầu khá đơn giản. Pyontaro, Hiroshi và Tsubame chỉ là ba học sinh trung học bình thường, ngày thường đến trường rồi về nhà, chẳng có gì đặc biệt để kể. Nhưng rồi em gái của Pyontaro đột ngột mất tích, và mọi thứ thay đổi từ đó.
Ba người bạn không còn cách nào khác ngoài cùng nhau đi tìm cô bé. Họ phải đối mặt với những chuyện kỳ lạ, những tình huống chẳng ai ngờ tới, và cả những thử thách khiến tình bạn của họ bị đặt vào vòng xoáy khó đoán. Càng đi sâu, càng nhiều bí ẩn mở ra.
Thunder 3 là phim hoạt hình khoa học viễn tưởng của Nhật Bản, gồm 12 tập, mỗi tập khoảng 22 phút. Các diễn viên Sayumi Suzushiro, Natsumi Kawaida và Eri Akiyama cùng tham gia dự án này.